Nitzsche und Orton führen die Ursprünge von „Scarlet Sunrise“ auf das Jahr 2012 zurück, als sie vielversprechende Eigenschaften bei zwei sehr unterschiedlichen Tomatenarten entdeckten. Konnten die besten Eigenschaften der einen, einer kommerziellen roten Traubentomate, die für ihren Geschmack bekannt ist, mit denen der zweiten, einer zweifarbigen Kirschtomate, die zwar süß war, aber während des Wachstums leicht aufplatzte, kombiniert werden? „Wir sahen in beiden Potenzial“, sagte Nitzsche, Associate Professor und Landwirtschaftsberater bei Rutgers Cooperative Extension. „Also haben wir sie gekreuzt, in der Hoffnung, die Festigkeit der Traubentomate mit dem Geschmack und der Farbe der zweifarbigen Tomate zu kombinieren.“
Der Prozess, eine Pflanze mit der besten Kombination von Eigenschaften zu finden, war alles andere als einfach. Da Rot ein dominantes Merkmal ist, zeigten die frühen Generationen keine Anzeichen der gewünschten Zweifarbigkeit. Es dauerte Jahre der Rückkreuzung, einer Technik, mit der ein bestimmtes Merkmal eingeführt oder verstärkt wird, sowie Feldversuche und Laboranalysen, um die richtige Kombination von Merkmalen zu isolieren. „Es gab Zeiten, in denen wir dachten, dass es nicht funktionieren würde. Alles war rot. Keine Zweifarbigkeit. Da wird man schon mal frustriert“, sagte Nitzsche.