Molekulare Züchtung: Nutzung von Haplotypen auf Grundlage der Gesamtgenomsequenzierung
Tim Koorevaar hat in seiner Dissertation, mit der er an der Universität Wageningen promovieren möchte, einen robusten Arbeitsablauf entwickelt, um die Genotypisierung auf Basis der Gesamtgenomsequenzierung in ein praktisches Erdbeer-Züchtungsprogramm zu integrieren, so agriholland.
Darüber hinaus liefere er damit einen Leitfaden, der mit geringfügigen Anpassungen auf andere Kulturpflanzen übertragen werden kann.
Koorevaar wählte zunächst eine repräsentative Kernsammlung aus, um die Vielfalt des genetischen Ausgangsmaterials zu erfassen. Anschließend entwickelte er eine Filtermethode auf der Grundlage von Linkage-Ungleichgewicht und Allelbalance, um fehlerhafte SNPs, die durch Subgenom-Ähnlichkeit verursacht wurden, zu entfernen.
Mit diesen zuverlässigen SNPs wurden Haplotyp-Referenzpanels erstellt, die eine genaue Imputation von Sequenzdaten mit geringer Abdeckung ermöglichten. Anschließend nutzte Koorevaar diese Haplotypen, um die genetische Vielfalt und die Regionen zu kartieren, die innerhalb von Züchtungspopulationen und im Laufe der Zeit selektiert wurden.
Koorevaar stellte fest, dass die Gesamtgenomsequenzierung ein flexibles Instrument zur Genotypisierung bieten könne, das die täglichen Züchtungsentscheidungen und das langfristige Management der genetischen Vielfalt bei der Erdbeerzüchtung unterstütze.
